Il a été construit au XI ième siècle par la famille de Commercy, qui possédait aussi celui de Château-Vilain. Les deux sont parmi les derniers à avoir été élevés car en 1301 le duc de Bourgogne avait imposé à Jean de Chalons-Arlay de n'en plus construire.

Pourquoi un château ici ?

A ses pieds passait la route du sel qui méritait toutes les attentions. De là on pouvait surveiller la route venant de Cornu, celle venant des Planches par les Etroits, le col du Gyps tout proche et les chemins qui conduisaient à Morillon. Il y avait d'ailleurs des châteaux ou châtelets un peu partout.

Le 30 mars 1413, le duc de Bourgogne ordonne aux seigneurs, de faire réparer les places et forteresses pour que les ennemis ne se mettent dedans, ou sur le refus des possesseurs de les faire démolir et dérocher. Celui de la Chaux fut réparé.

En 1503 c'était un monument superbe. Voici à son sujet, un texte ancien rapporté par J.B.Munier .

" Le château de la Chaux des Crotenay, qui reçut si souvent des souverains, malgré l'austérité du climat et la difficulté d'accès, à une époque où les chemins devaient être encore à l'état sauvage, était d'une certaine magnificence. On peut du moins juger de son étendue par le nombre de ses cheminées qu'on porte à 301… Il était flanqué de trois tours rondes, bâties sur le bord d'un rocher perpendiculaire. Un double fossé régnait à l'opposé. On parle d'une allée souterraine qui communiquait du château à l'église, laquelle est au pied de la colline. Le fort existait encore en 1639. Le 21 avril de cette année, le comte de Guébriand, à la tête des troupes françaises et allemandes, en l'absence du duc de Saxe-Weimar se présenta devant le château dont la garnison se rendit par composition …"

Weimar qui avait dirigé toutes les opérations depuis le fort de Joux ou Nozeroy où il venait souvent se divertir auprès de Guébriand, mit en feu toutes nos montagnes. Il avait laissé garnison à Joux, Nozeroy, Château-Vilain et la Chaux et était allé à Brisach où il mourut en trois jours du charbon de la peste, le 18 juillet 1639. En quittant notre pays il regretta plus d'une fois ouvertement de n'avoir pas mis le feu aux forêts du Jura pour ôter aux populations les moyens de rétablir leurs demeures.

Le 14 mai, le baron d'Arnans, aidé de Lacuzon, reprend cette place, et de là, harcèle les français et jusqu'en 1644 la guérilla continue autour de Chatelneuf, du château de l'Aigle, de la Savine, de Chaux-Neuve etc..

Les suédois se répandent de villages en villages, ravageant, pillant, incendiant tout, détruisant l'herbe et les blés avant maturation. Lacuzon se rend célèbre. Un traité de1644 puis celui de Munster en 1648 ramènent provisoirement la paix. Mais l'armée française occupe la Comté. Comme les autres, le canton des Planches doit héberger des cavaliers. Il devait ètre fourni à chacun, 20 livres de foin, 10 livres de paille, 3 picotins d'avoine, 2 pains de 24 onces, une pinte de vin, deux livres et demi de viande, la place au feu et à la chandelle de l'hôte, un lit, un pot et une écuelle;

En 1668, la France rend la Franche Comté à l'Espagne, mais avant de partir Louis XIV fait démolir toutes nos forteresses, sauf celle de Château-Vilain dont le seigneur avait pactisé avec les français. Le 8 novembre 1793 le Gouvernement de la Révolution ordonnera la démolition de ce château, où était né Etienne Monnier, au motif que " cet ancien chef-lieu de la baronnie, était dangereux à la liberté dans un pays aussi fanatique." Sa démolition ne se fit en fait que vers 1810 pour fournir les matériaux nécessaires à la reconstruction des usines de Bourg de Sirod.

En 1673 le marquis de Listenois se retire avec 25 chevaux au château de la Chaux des Crotenay et, selon un texte rapporté encore par J.B.Munnier : "C'était autrefois un lieu important où les seigneurs du nom de Poupet avaient dressé une riche bibliothèque ; déjà aux dernières guerres, sous Louis XIII, on en avait dissipé une grande partie, ils brûlèrent le reste pour se chauffer faute de bois, ils déplanchèrent même toute l'habitation".

En janvier 1674,les français reviennent. En six mois ils ont conquis la Comté qui cesse aussitôt d'ètre, dans les faits sinon dans le nom, la Franche-Comté. Les embuscades, les attaques soudaines n'y font rien. Les enfumés de Weimar n'ont pas leurs pareils pour enlever les convois, enclouer les canons, rafler les traînards, mais sitôt pris, sitôt pendus.
Louis XIV, après sa conquête, jeta forces garnisons françaises au cœur des populations même agricoles, afin de consolider sa nouvelle domination. La Chaux des Crotenay en eut sa bonne part en 1678 et 1679. M. de la Bretonnière, capitaine de cavalerie au régiment du Plessis, certifiait "y avoir logé avec sa compagnie de cinquante hommes, du 8 décembre au 18 juin 1679. Et je déclare, ajoute-t-il, n'avoir jamais eu envie d'y retourner quoique les habitants aient fait ce qu'ils ont pu, dans leur pauvreté, pour soutenir le logement "

Ce fut la fin du château de la Chaux et, pour citer encore J.B.Munier "la Franche et libre terre de Bourgogne perdit le beau nom qui avait fait sa fierté et sa gloire, car ce mot Franche-Comté n'était plus qu'un non-sens du moment qu'elle devenait une province française".

Classée parmi les pays conquis, la Franche Comté est soumise à une multitude d'impôts : grosses dîmes, menues dîmes, vertes dîmes, dîmes novales, le seigneur se réservant les droit de chasse, de pèche, de colombier, de garenne …Une des plus lourdes charges était la corvée. A certains jours on voyait des officiers royaux parcourir les campagnes et chasser devant eux, comme un troupeau de bétail, ces malheureux que l'on amenait à plusieurs lieues de leurs chaumières pour construire des chemins publics, en ne leur accordant ni substance ni salaire.

Le 13 juillet 1700 un fermier général pouvait écrire "il y a beaucoup de gens en Bourgogne qui ne consomment aucuns sels, la pauvreté où ils sont actuellement de n'avoir pas de quoi acheter non pas du blé ni de l'orge, mais de l'avoine pour vivre, les oblige de se nourrir d'herbe et même de périr de faim".

Extrait des "Recherches Historiques sur les Foncines " de JB. Munier

Un passage secret

A l’intérieur, on remarque dans l’appartement de la princesse une armoire fort commune et dont on ne s’aviserait pas de soupçonner la destination; c’est le vestibule de l’appartement des jeunes demoiselles; les battants même étant ouverts , on ne voit qu’une armoire encore; un secret fait ouvrir une partie du fond et vous avez le passage dans un petit escalier par lequel on grimpe à deux cabinets boisés qui se communiquent et dont les fenêtres sont disposées de manière à ne pouvoir donner d’espérance aux plus hardis des galants