Le village de Foncine le Bas est traversé par la rivière de la Saine, par les ruisseaux du Lac à la Dame, des Seignes, des Prés Mous, de la Seneta, de la Fontaine Noire, par le bief du Bouchon et le ruisseau Simonet.

Ce village compte un grand nombre de hameaux : la Combe, les Tareillers, les Trougeniers, les Replats, les Serrettes, Rapoutier-Dessus, Rapoutier-Dessous, la Seinge-Renaud, En Beauregard (nom qui se rattache au culte du Soleil), vers les Biefs, vers chez Guédon, au Liamon, vers chez André, chez Dayt, vers chez Gustin, la Chancenette, sur le Moulin, chez Douanet, chez les Fumey, au Delevret, le Mont à la Chèvre, les Côtes, la Grange à la Dame, la Grange à l’Olive.

Les églises des Foncines et des Planches dépendirent longtemps de la paroisse de Sirod. La chapelle de Foncine-le-Haut fut démembrée de celle de Sirod en 1644 et forma une succursale comprenant Foncine-le-Haut, Foncine-le-Bas et les Planches; en 1785 elle fut érigée en cure.

L’église de Foncine-le-Bas ne fut d’abord qu’un petit oratoire très ancien situé au milieu du carré de l’église actuelle et dont l’époque précise d’érection ne nous est pas connue. Elle devint ensuite une chapelle.

En effet, par suite d’acte de 1610, reçu Petetin, notaire, passé entre les habitants de Foncine-le-Haut et Foncine-le-bas, les habitants de ce dernier lieu obtinrent de l’archevêque de Besançon l’autorisation de bâtir une chapelle et bientôt le service divin y fut célébré par les prêtres de Foncine-le-Haut, sans cependant que Foncine-le-Bas cessa de contribuer à l’entretien de l’église et du presbytère de Foncine-le-Haut, de dépendre de Sirod et de lui payer la dîme et autres redevances.

Par traité de 1617 passé entre Foncine-le-Haut et Foncine-le-Bas, les habitants de ce dernier village se reconnaissent paroissiens de Foncine-le-haut, promettant de rester toujours unis et devaient faire tous leurs devoirs religieux audit Foncine, même enterrer leurs morts dans le cimetière de cette commune.

Ils tentèrent en 1733 d’obtenir un décret d’érection de leur chapelle en église vicariale, mais sans succès. Mgr l’archevêque répondit à leur requête par "néchet quand à présent". Les motifs de ce refus étaient de ne pas charger les décimateurs des frais d’une nouvelle desserte.

Les habitants comprirent, bien après cette tentative, que s’ils voulaient avoir un vicaire résidant il fallait qu’ils se chargeassent eux-mêmes de payer la pension congrue de ce vicaire, sans quoi toute supplique serait répondue comme la première. Ils s’occupèrent donc du soin de pourvoir à la subsistance de ce vicaire sans que les décimateurs ou le curé de Sirod, dont la chapelle de Foncine-le-Haut dépendait, en fussent chargés.

Le prieur relâcha sa dîme en blé, d’une valeur de 60 livres et environ 10 livres de bons deniers provenant de la chapelle. La fabrique joignit 105 livres de revenus provenant de diverses fondations faites à dessin depuis plus ou moins longtemps, deux jardins avec un verger d’environ 20 livres de revenus. La paroisse, par acte notarié sous la garantie des plus riches particuliers, s’engagea à donner un traitement annuel de cinquante écus.

Le sieur Jean-François Jacquet, patron comme successeur du prêtre et du chirurgien Jacquet, de la chapelle St-Pierre érigée et dotée à Foncine-le-Haut, offrit de consentir qu’elle fut unie à l’église de Foncine-le-Bas pour les revenus être employés au paiement du vicaire qui les desservirait.

Munis de ces ressources, les habitants de Foncine-le-Bas firent une convention avec Gilliard, curé de Sirod par laquelle ils se reconnaissaient dépendants de Sirod.

Ledit Gilliard consentait à l’érection de leur chapelle de vicariat indépendante de celle de Foncine-le-Haut, que dans cette chapelle le vicaire amovible donné par Sirod ferait toutes les fonctions paroissiales et curiales pour prix de cette concession, les habitants de Foncine-le-Bas devraient payer au curé de Sirod la somme de dix livres en son domicile.

Le jour de St-Pierre les habitants de Foncine-le-Bas donnèrent pouvoir à leurs échevins, Pierre Henri Munier, Pierre-Antoine Jeannin et Henri Munier de poursuivre l’exécution de ce traité et d’en obtenir l’autorisation de l’archevêque de Besançon.

Ils s’adressèrent donc de nouveau au diocésain à l’effet d’avoir un prêtre résidant chez eux et pour lui demander l’union de la chapelle St-Pierre à leur église, du consentement du patron.

Après information de " commodo et incommodo" tant de l’érection de la chapelle existante au bas de Foncine en une église vicariale, que de l’union demandée, le diocésain rendit un décret du 4 novembre 1740 par lequel il permit aux habitants de Foncine-le-Bas de se pourvoir "d’un prêtre pour résider audit lieu et les y desservir in divinis", y administrer les sacrements, et y faire tous les offices paroissiaux, déclarant leur église vicariale et dépendante immédiatement de celle de Sirod, indépendante de celle de Foncine-le-Haut, à charge par eux de fournir audit vicaire un logement convenable et des fonds suffisants pour sa pension.

De même de pourvoir à l’entretien des bâtiments, ornements, luminaires et autres besoins de ladite église. Et en conséquence et conformément aux offres et soumissions du sieur Jacquet, patron de la chapelle de St-Pierre, érigée en église de Foncine-le-Bas, et du consentement du sieur Jacques Vuillermot qui en était pourvu alors, transfert et unit ladite chapelle, fruits et revenus d’icelles à perpétuité à l’église et au maître-autel de Foncine-le-Bas, pour lesdits revenus être employés à l’entretien et partie de la pension du vicaire amovible qui desservirait leur église.

Muni de ce titre, le sieur abbé Jacquin prétendit toucher les revenus de la chapelle, alors que les fonds de la dotation avaient été affermés par les habitants de Foncine-le-bas, par bail notarié en date de 1765.

Le fermier à qui l’abbé Jacquin avait notifié son titre, refusa de payer le terme échu au mois de septembre 1773, ce qui donna lieu à un procès.

L’église de Foncine-le-Bas a été érigée en succursale sous le vocable de St-Pierre.