Sur les vingt et une cloches que possédait Saint-Claude une seule fut épargnée, les autres furent fondues pour en faire des canons. Toutes les maisons religieuses furent vendues : la maison des Annonciades, les couvents des capucins, des carmes, le séminaire et même l'ermitage Sainte-Anne. Le couvent des capucins fut acheté par la ville pour en faire un collège. L'église de Saint-Romain fut vendue aux enchères. Lors de ces ventes, on allumait une bougie dès la dernière enchère, si elle se consumait sans nouvelle proposition, l'affaire était conclue. Ce fut la ville qui en devint propriétaire et la fit démolir pour agrandir le cimetière. Elle était vieille de 700 ans. Le mobilier de toutes les églises fut vendu ou pillé par les administrateurs. Ainsi, l'on vit l'un des présidents du district passer subitement de la misère à l'opulence, ce qui fit dire au peuple, fidèle observateur des fourberies de ses gouvernants, qu'il avait acheté sa maison avec les calices vendus à Genève.

Dans toutes les municipalités, on voyait circuler des gens chargés de récolter les dépouilles des églises, souvent profanées sans honte. C'est ainsi qu'un jour à Sièges, ces messieurs arrivèrent pour emporter la cloche. Aussitôt le village fut en effervescence. Le sang ne fit qu'un tour dans les veines des Siégeois, il fallait la cacher. Il était de coutume ancestrale, lors d'invasions ou de menaces, de cacher les richesses dans une petite cavité rocheuse situé à l'écart du chemin de "Brûlant" en montant vers les "Roches de Vaux". Quelques hommes forts, montés dans le clocher à l'aide d'échelles, la décrochèrent, la descendirent vers les Siègeois rassemblés et l'emportèrent dans cette petite grotte. Nul républicain ne la trouva jamais et plus tard, quand le calme fut revenu, elle retrouva son clocher et depuis, la grotte fut baptisée la "Borne à la Cloche".

A Saint-Claude lorsqu'ils s'emparèrent des objets sacrés, une femme versa le contenu du vase d'huile sainte sur le dos d'une commère. Elle fut dès ce jour attaquée d'une maladie qui dura vingt années.

En 1794, voici ce qui arriva le 6 mars :

Il avait été précisé dans un arrêté de la société populaire des Rousses, que celle de Condat Montagne (le nouveau nom de Saint-Claude) inviterait le directoire du district à faire inhumer le prétendu corps de saint-Claude puisque sur sa demande, cette commune s'est empressée d'envoyer toute l'argenterie et les reliques qui étaient à sa disposition; qu'elle a arrêté à l'unanimité de faire ôter l'image du prétendu Saint-Claude, séante dans la maison de vérité : sur quoi les commissaires de plusieurs sociétés ont exprimé le même voeu. Quelques clubistes avertirent le représentant (il s'agissait du conventionnel Le jeune) du voeu de leur société qu'ils représentèrent comme le voeu général.

Le 6 mars, il appela le peuple au temple de vérité (la cathédrale) où depuis la chaire, il demanda à l'assemblée ce qu'il fallait faire des restes supersticides ... A son invitation, la plupart des présents se levèrent en trépignant comme si l'esprit infernal les eut secoués, tous voulaient sa destruction.

Alors Le Jeune déclara le peuple souverain. Quelques femmes crièrent qu'il fallait des prêtres, il les menaça du fouet et les fit arrêter pendant quinze jours. Puis il requit de faire remettre les clefs de l'église de Saint Pierre. Le maître envoya faire relever Jean Joseph Buffard, sacristain de Saint Pierre qui était déjà couché. Il vint chez le maître, et sur la demande qu'il lui fit des clefs il refusa de les donner sans un ordre par écrit ... (il perdra cet ordre dans l'incendie qui ravagea la ville quelques années plus tard). Munis des clefs, deux gendarmes accompagnés d'un des secrétaires du représentant se rendirent à l'église Saint Pierre. L'un des gendarmes ôta le surtout de bois et saisit le corps. Il passa la main gauche sous le cou, la droite sous le milieu des jambes pour le rompre, mais le corps s'affaissa au milieu en craquant. Toute la bande recula d'horreur. Le gendarme demeura un instant tout interdit et comme épouvanté à la vue du crime qu il commettait mais à nouveau ils s'enhardirent : saisissant le corps, le gendarme ramena la tête sur les pieds pour le rompre, avec sa troupe, il acheva de le dépecer. Ils avaient décider de le brûler au bas de la tour de l'église, dans la chapelle Saint-Maurice. Il y avaient amassé des lames de sapins (provenant de la toiture) auxquelles ils mirent le feu : la fumée fut telle qu'ils ne purent s'en approcher. Ils jetèrent alors les morceaux du corps dépecé dans une balle et emportèrent le précieux dépôt jusqu'au logis du représentant Le Jeune. La nuit était fort obscure; ils passèrent par la petite rue Neuve qui va en droiture aux ci-devant Carmes où l'on avait placé le séminaire, rue dont la pente rapide la rendait peu fréquentée. Ce fut dans ce trajet que Jacquet qui était de garde et qui accompagnait le convoi, s'aperçut qu'il tombait quelque chose d'une balle; il ramassa à tâtons l'avant bras gauche qui était dans la boue, il le cacha, le lava dès qu'il fut relevé de sentinelle et le garda jusqu'au moment où il le remit à Monsieur Cattand, maître de cette commune. C'est à ce trait de providence que l'on en doit la conservation. Le reste du corps de Saint Claude fut brûlé dans une chambre voisine de celle du représentant. A neuf heure du matin, tout était réduit en chaux. Lorsque Alexis Bayard, ancien subdélégué à Condat-Montagne, Charles Dolard, président du tribunal civil, Pierre François Gabriel Buffet, juge au tribunal civil, et Sophie Buffet, sa fille, entrèrent dans la pièce, ils virent un monceau d'ossements dans la cheminée, en si grande quantité qu'on ne pouvait pas allumer le feu. Ils ne savaient pas ce que c'était et essayèrent de les écarter pour allumer le feu, quelqu'un leur dit qu'on avait brûlé le corps de Saint Claude et fait des jarretières dans les rubans qui l'entouraient. Deux membres du comité de surveillance ont emporté les ossements à la Bienne, à l'endroit appelé "Coinchette", qui est un précipice derrière les Carmes. C'est Jean Marie Félix Prost, alors portier au séminaire, ensuite aubergiste à Clairvaux, qui ramassa les os de la tête que les scélérats avaient oubliés dans la chambre.

Le cordonnier Jacquet était de garde le jour qu'il fut décidé que la relique de Saint Claude serait détruite. Voici son récit :

A minuit, il fut commandé pour escorter ceux qui devaient s'en emparer. Elle devait être brûlée dans le clocher de l'église Saint Pierre où elle reposait. Mais après que le feu fut allumé, la fumée fut si épaisse qu'il ne fut pas possible d'y rester. Il fut décidé qu'elle serait transportée chez le représentant du peuple qui était à cette époque à Saint Claude. On enleva si brusquement le corps de sa chasse que les membres s'en détachèrent. On mit le tout dans une balle. Un gendarme fut chargé de le porter. Il pleuvait très fort et la nuit était très noire. En passant dans la rue neuve, quelqu'un entendit tomber quelque chose de dessous le manteau du gendarme; il les en avertit, on chercha ce que ce pouvait être, et on ramassa des membres du corps du saint que l'on remit dans la balle. J'étais un des derniers du cortège. Je sentis quelque chose sous mes pieds, je me baissais et je trouvais le morceau que vous voyez. Je le cachais soigneusement. Un de mes compagnons de garde demanda ce que je venais de ramasser, je lui dis que je croyais avoir senti quelque chose sous mes pieds, mais que je m'étais trompé. J'ai ensuite été relevé de garde et arrivé chez moi, j'examinais ce que j'avais ramassé, et comme je m'y attendais, je reconnu facilement que c'était un morceau de la relique. Il était couvert de boue, je le lavais et l'enveloppai de papier gris où je l'ai laissé pendant cinq ans, sans en dire un mot à personne, pas même à ma femme. La crainte d'être dénoncé comme fanatique et d'être persécuté me fit garder mon secret très soigneusement. Le temps ayant changé, je le tirais de son papier et je le trouvais comme un peu noirci. N'ayant plus la même crainte, je lui fis faire cette niche dans laquelle je le portais devant le maire, monsieur Cattand, le 7 prairial de l'an XII.

Après la disparition de ces reliques, les pèlerinages cessèrent, bien évidemment, et aussitôt la prospérité de la ville ne fut plus. Une mévente impressionnante frappa les artisans et les fabriquants les plus connus, comme les frères Rosset qui ne vendaient même plus leurs fameux crucifix; les tabatières et autres objets de luxe restaient sur les étals.

En mars 1794, Monseigneur de Chabot, installé en Suisse, demanda au père Arbel de rentrer en France afin d'y secourir les fidèles abandonnés. Accompagné par le père Mornay et trois autres prêtres, il arriva jusqu'à un chalet situé en Suisse, en face de Bois-d'Amont. Il demanda à un habitant de ce village, qu'il rencontra, de signaler sa présence à sa famille. Mais cet homme était républicain et s'empressa d'avertir ses amis de Morez. Un détachement de gardes nationaux, de gardes frontière, suivis des habitants armés de haches et e piques, aveuglés par la haine ou la peur d'être soupconnés de sympathie avec l'Eglise, se rendirent tous au chalet pour y prendre l'aristocrate. Le père Arbel venait d'y célébrer la messe. Alerté par les cris d'attaque lancés par ses assaillants, il sortit de son abri; une lance le frôla et vint se briser sur la porte. Le prêtre se livra en demandant la grâce de ses compagnons et que fut dressé un procès-verbal. A cause de cette demande, les adversaires durent les libérer car ils les avaient surpris en terre étrangère. Le lendemain, deux des prêtres qui l'accompagnaient se déguisèrent et passant la frontière s'en furent jusqu'à Saint Claude et Orgelet. Le père Arbel était habillé en manoeuvre, et connu sous le nom de Michel. Un jour, appelé auprès d'une mourante de Digna, il n'y trouva que les gendarmes qui le saisirent. Il parvint à s'arracher de leurs mains, sauter par une fenêtre et s'enfuir vers le bois tout proche. Mais malade et fiévreux depuis trois jours, il fut repris, emprisonné à Lons le Saunier et condamné à être déporté dans l'île de Ré. De prison en prison, toujours plus mal portant, on dut le laisser à la maison d'arrêt de Bourg en Bresse, d'où les fidèles l'aidèrent à s'échapper. Il s'en fut se cacher dans une ferme près de Saint Amour et reprit ses activités religieuses sous le nom de "citoyen laforêt". D'autres prêtres le suivirent au nombre de quatre-vingts. Une grande organisation fut mise en place sur laquelle Monseigneur de Chabot pouvait avoir toute directive depuis la Suisse. L'intermédiaire, Madame Péchoux de Saint-Claude, traversait allègrement la frontière pour, croyait-on, son petit négoce ... elle était marchande. Mais en fait, elle portait la correspondance du prélat. Elle recevait son courrier sous forme commerciale.

Les tourneurs de la Poya à Saint Claude, se désolaient de la profanation qu'avait subi leur cathédrale et leur saint. Le 27 juillet 1796, un auvergnat (que l'on appelait aussi Bougnat), marchand ambulant du nom de Jean François Loriot, passa par-là, criant à tue-tête : "peaux de lapins, peaux de chats ?". Aussitôt les tourneurs lui demandèrent des chats car les rats venaient sans cesse plus nombreux dans la ville. Il faut croire que le marché fut intéressant car quelques mois plus tard, notre Bougnat achetait mâles et femelles de races félines en pays d'Ain, qu'il enfermait dans des cages à poules. Ainsi accompagné de deux cent cinquante spécimens de toutes couleurs et tous pedigrees, il se mit en route vers Saint Claude. Malheureusement son cheval fit un faux pas à Martigna, la charette versa et une nuée de chats se répandit en toutes directions envahissant le village. On trouvera encore en 1856, à Martigna en l'Isle (comme on l'appelait alors à cause du château de l'Isle) le "chemin des chats".

En 1798, Champagnole fut détruite par un incendie et l'année suivante ce fut le tour de Saint-Claude :

On attribua ces catastrophes à la malédiction du saint qui frappa ainsi le 1er messidor de l'an VII (19 juin). Un feu fut signalé sur le toit de Jean François Mandrillon locataire de Siméon Lançon de Tressus. Mandrillon, homme de haute taille, abusait de la pipe et du vin. Personne ne sut jamais s'il avait mis le feu dans son grenier à foin par une étincelle de sa pipe ou s'il avait ferré la roue d'un char. Un de ses voisins donna l'alarme et aussitôt, chacun se précipita en hâte pour combattre le foyer. Mais tous les efforts furent vains, le toit de tavaillons flambait déjà en entier, les flammes rabattues par le vent s'étendaient sur le toit voisin également couvert de tavaillons. Il était 12 heures 45, le feu se répandit sur la ville à une vitesse incontrôlable, attisé par un vent violent. Les rues et les ruelles ne furent bientôt plus qu'une immense fournaise dans laquelle la chaleur était insoutenable. les fenêtres crachaient leurs flammes dans leurs voisines d'en face, partout le feu mugissant rasait le pavé, dévorait les portes et se ruait dans les maisons. Les habitants affolés, s'enfuyaient par les arrières de leurs immeubles en abandonnant leurs biens les plus précieux. En moins d'une heure, la ville entière fut transformée en brasier. De tous les villages voisins, on voyait cette lueur rouge éclairer l'horizon comme si l'enfer eut ouvert ses abîmes dans cette vallée ... Les appels désespérés des mères pour leurs enfants, d'enfants pour leurs parents perdus, étaient couverts par le vacarme des murs qui s'effondraient. De tout ce qui avait fait Saint-Claude depuis plusieurs siècles, il ne resta plus, après deux heures de temps, que ruines fumantes qui vomissaient encore ça et là, des gerbes de flammes et une haleine brûlante insupportable de pierres chauffées au rouge.

Claude Grosgurin ayant tiré Christin impotent et incapable de se sauver lui-même des flammes, le déposa déjà mourant dans les bras de son épouse éplorée. Chevassus, dit "Miki", sauva, grâce à son courage, dix personnes. Chassés par cet enfer, les hommes recherchés sortaient dans les rues : c'est ainsi qu'un gendarme nommé Arbet rencontra un prêtre qui comme lui fuyait hors la ville : "Arrête Calotin ! marche avec moi en prison !", la prison était en flammes ... La misère et la consternation s'abattirent sur la population. Lorsque l'on put à nouveau approcher des murailles, les appels se multiplièrent, partout on cherchait un parent, un enfant, une grand-mère, un ami ... A trois heures, il restait encore une maison épargnée, c'était l'hospice de bienfaisance, éloigné du brasier. Une grêle de feu fondit du toit de la cathédrale et embrasa l'hospice. Les malades furent tous sauvés et transportés sur les toits de la banlieue par l'infirmier Pierre Vincent. La nuit tomba enfin sur quatre mille San-Claudiens jetés sous les étoiles : hébétés, ils allèrent sur les rochers voisins, en proie à la plus terrible angoisse. Malgré les efforts surhumains et le courage des sauveteurs volontaires, le bilan fut affreusement lourd, soixante-cinq personnes avaient péries, trois cents maisons de trois étages étaient détruites. Le lendemain on retira les victimes des décombres, et l'on découvrit fasciné, que seule, parmi l'incroyable fléau qui avait détruit une ville entière, la maison du cordonnier Jacquet, pourtant entourée d'édifices incendiés avait été épargnée. Et déjà, à huit heures du matin, arrivaient de Morez des chariots de pain pour deux jours. Orgelet lui succéda avec des comestibles en abondance; Lons le Saunier envoya de l'argent, du grain et des vêtements en grand nombre; Arbois apporta des vêtements, du grain, de l'argent; Salins mit en branle de nombreuses voitures lourdement chargées. Champagnole, malgré l'incendie qui l'avait, elle aussi mutilée peu de temps avant, rendit bien l'aide qu'elle avait reçu de Saint-Claude; Moirans offrit trois cents sapins. Toutes les villes vinrent secourir Saint-Claude : Dole, Poligny, Saint-Amour, Clairvaux ... La charpente de la cathédrale fut faite des sapins de Moirans. Nantua accueillit nombre de sans abris, ils y fondèrent des ateliers de tournerie. Genève, elle-même, envoya des secours. La répartitions des aumônes fut une tâche difficile. Les députés rendus à Paris n'obtinrent pas d'audience, puis reçurent finalement la somme de trois mille francs, alors que le premier consul de Lyon en donnait cent mille. On parla de transporter Saint-Claude à Vaux et d'en faire une ville fortifiée gardienne de frontière. Les rescapés habitèrent longtemps dans les ruines ou de simples baraques. Tout doucement, Saint-Claude s'éleva à nouveau, en pierres. On transporta les débris au Truchet.

Cent cinquante mille francs furent tout de même accordés par le gouvernement. Dix ans plus tard, il manquait encore l'hôtel de ville, la sous-préfecture, le tribunal, les casernes, gendarmerie et prison. "Saint-Claude a brûlé, saint-Claude brûlera" avait-on entendu dire avant.

Dix ans de persécutions cléricale déchirait ce pays, lorsque le vent tourna. Les jurassiens revenaient lentement aux anciennes valeurs et cherchaient timidement quelques réconforts spirituels. L'Eglise nouvelle, constitutionnelle fit surface et le concordat l'organisa. Les troubles ne cessèrent pourtant pas complètement et Groissiat se fit refuge pour missionnaires en fuite. Loin de là, du côté de Paris, on parlait déjà d'un jeune et brillant général, premier consul, dont l'ambition semblait sans borne ... Nous étions à l'aube du XIXe siècle.

Le 8 mai 1800, ou 18 floréal de l'an VIII, le général Bonaparte en route vers l'Italie, passa à Saint-Laurent. Il s'arrêta à l'"Ecu de France" pour y passer la nuit. Etonné de la haute taille et de la forte stature des Grandvalliers, il demanda à son hôtesse de quoi on se nourrissait dans ce pays. "Avec des bolons !" lui répondit-elle. Le général, cherchant sans cesse à renforcer ses troupes, déclara : "Et bien dites-leurs que je serais heureux de les avoir pour soldats.". Aussitôt avertis, nos Grandvalliers rentrèrent chez eux et Bonaparte dès lors, n'en revit plus un seul durant son séjour à Saint-Laurent. Il faut dire que les guerres de France commençaient de dévorer beaucoup de vies humaines. les Francs-Comtois engagés se montraient, néanmoins parmi les plus valeureux soldats de l'Empire. Nombreux furent leurs exploits.