Après le flot des barbares qui traversèrent notre pays, la forêt avait tout envahi.

En 406, Saint Romain et Saint Lupicin fondent l'abbaye de Condat et leurs collègues essaiment dans les environs.

En 523 ils créent l'abbaye en Grandvaux, En 852 on cite, à Sirod une chapelle dédiée à Saint Etienne, qui aurait été crée au IV ème siècle et en 855 une église à Krotonicum.
Cette église relève de Sirod et au-delà de Besançon. C'est la notre.
Au XIIème siècle, les Commercy font de cette petite église leur chapelle castrale.

Guillaume de Poupet, receveur des finances du duc de Bourgogne et maître d'hôtel de Charles le Téméraire, et son fils Charles de Poupet, premier sommelier à la cour de France, puis confident et ambassadeur de Charles Quint, tous deux seigneurs fort instruits, riches et amis des arts, qui firent du château de la Chaux, la demeure la plus luxueuse de tout le Haut-Jura, voulurent une église à l'image de leur château.

Ce fut Guillaume de Poupet, selon toute vraisemblance qui fit abattre la vieille chapelle castrale et la remplaça par l'édifice qui demeure aujourd'hui.

Aussi retrouvons-nous encore à chaque pas dans l'église les armes des Poupet : peintes, sculptées, dessinées sur les vitraux.

"Quand on étudie la partie architecturale de l'édifice, on s'étonne à bon droit de ce qu'en ces temps lointains où Louis XI régnait sur la France, une construction d'un aussi beau dessin et d'une facture aussi élégante ait pu être conçue pour un obscur village de montagne, mais il ne faut pas oublier que c'était là, l'église d'une paroisse campagnarde.

Faite de solide maçonnerie, l'église était orientée selon l'ancienne règle : le grand axe étant Ouest-Est.

Un croquis très simple représente sur un plan fait au XIIeme siècle, l'édifice vu du village. C'est un bâtiment trapu , dominé en son milieu par un court clocher carré, coiffé d'une flèche pyramide portant la croix.

L'église comprenait le choeur, et une nef centrale, et deux collatéraux ou nefs latérales, sans chapelle ni transept.

Le choeur et la première arcade des nefs nous sont conservés, le reste des nefs et le porche actuel date du XVIIeme siècle, lors d'un remaniement et d'un agrandissement de cet partie de l'édifice.

Le fond du choeur est occupé par une abside formée de cinq pans. Les vitraux sont modernes. Les fenêtres sont séparées par un faisceau de sveltes colonnettes, des angles jaillissent les nervures des voûtes dont l'envoi convergeant apporte à l'ensemble une note d'élégante légèreté.

Dans le mur du collatéral sud, au dessus de l'arcade transversale est encastrée, dans un cadre mouluré, une dalle portant une inscription concernant messire Richard Anel, qui était châtelain de Charles de Poupet, c'est à dire gouverneur et intendant en l'absence du seigneur.

L'inscription datée de 1488, précise donc l'époque où fut aménagée l'église.

Ainsi, caractères architecturaux, blasons et inscriptions, tout concorde à fixer l'âge de l'église.

Deux cent ans plus tard, au cours du XVIIeme siècle, l'église fut remaniée et agrandie par les seigneurs de La Baume, héritiers et successeurs des Poupet en la baronnie de la Chaux.

L'extérieur de l'église est simple. On note quatre épais contreforts à ressauts, accolés aux angles du chevet qu'ils soutiennent. L'un deux porte en son sommet un antique crucifix de pierre haut de 70 cm qui provient sans doute de l'église primitive.

Quant au clocher actuel, tour carrée massive, portant un lourd dôme à quatre pans, il remplaça vers 1775, l'ancien clocher. Un maçon du village, Pierre Chagre, avait eu l'adjudication d'une partie des travaux.

L'église de la Chaux des Crotenay a été classée monument historique par arrêté du ministre de l'Instruction publique et des Beaux-Arts en date du 12 octobre 1906.

Sont classés : l'édifice et huit oeuvres d'art parmi celles qu'il abrite. Les visiteurs découvriront : la tour eucharistique, située à l'entrée du collatéral sud, elle se dressait au centre de l'ancien maître-autel. Les statues sont nombreuses, toutes sont frappantes : celle de St Paul, St Christophe, St André, Sainte Marguerite, une piéta (groupe en bois polychromé, haut de 0,90 m), la vierge et l'enfant (marbre blanc hauteur 0,95 m), St Antoine portant une date : 1538.

Pour terminer il convient de mentionner la présence d'une oeuvre remarquable, très originale, qui n'existe dans aucune autre église classée. Il s'agit de la poutre de gloire.

En haut des deux premiers piliers carrés de la grande nef, s'accolent deux poutres de chêne sculpté formant une arcade à talon, c'est à dire une composition de quatre arcs dont les deux supérieurs sont à contre-courbure, et les inférieurs à courbure ordinaire.

Des touffes de feuilles d'acanthe y sont semées de part et d'autre du sommet, deux anges soutiennent un piédestal ouvragé qui porte un crucifix dressé entre la Vierge et St Jean.

L'oeuvre classée date du début du XVIIeme siècle. L'église possède un autel remarquable daté de 1733. Il porte un panneau de cuir repoussé et peint représentant des fleurs et des feuillages stylisés. Des peintures sont également mises en valeur.

La plupart des tableaux datent du XVIIeme siècle. Très certainement les riches fondateurs de l'église de la Chaux l'avaient dotée de richesses autres que celles dont nous venons de parler. Au cours des périodes troublées que vécut la Franche-Comté, pendant les horreurs de la guerre de dix ans, qui mit aux prises des montagnards et les soldats du roi de France, pendant la terreur surtout, nombre d'entre elles ont disparu dans le pillage ou la destruction".

A cette description relevée sur "Le Courrier" du 20.7.1972, on peut ajouter quelques enseignements tirés du cahier de délibérations du conseil de Fabrique :

Le 3.4.1845, le conseil constate que la toiture de l'église est à réparer.

Le 12.11.1848, il constate à nouveau que la toiture de l'église est ruinée jusqu'à totalité et qu'il convient de prévenir les accidents pouvant survenir de la voûte en pierre datant de cinq ou six siècles au moins, déjà lézardée. La dépense serait de 600 francs. Les trois fenêtres du chœur sont tellement endommagées que des panneaux entiers sont emportés et un grand nombre de vitraux brisés, au point que les vents, la pluie et la neige pénètrent dans l'église. Le mur de clôture du cimetière est en ruines, le bétail y entre facilement et fréquemment. (coût 1000 francs).

La fabrique ne peut se procurer les fonds nécessaires ( 2200 Francs).

Le 10 août 1848, le conseil constate que le travail a été terminé avec sept mois de retard, que le vitrage rouge déjà réparé en partie, contient encore plusieurs verres trop clairs; que les vitraux bleus sont complètement manqués, que c'est évidemment un verre de rebut. Et il déclare ne pouvoir ni recevoir ni payer.
Cette affaire a été résolue le 1.3.1849.

Le 25 novembre 1859, l'église présente sur six points différents de larges lézardes. La fabrique n'a pas les fonds disponibles. Depuis dix ans le besoin de faire ces réparations est connu. Le conseil demande au préfet de prendre les mesures nécessaires. La signature d'Eléonore GUYON, maire d'Entre deux monts apparaît au bas de la délibération. ( Narcisse GUYON sera élu au conseil de fabrique le 10.4.1885, aussitôt après le décès de son père).

Le 11 juin 1875 le vestibule du presbytère exige une reconstruction entière et prochaine. La fabrique n'a pas d'argent.( Le presbytère avait été construit en 1719).

Le 26 octobre 1879: Réparations de l'église et du presbytère. Toitures en bois délabrées malgré des réparations faites chaque année … Il est demandé que les communes s'en occupent;
Lorsque le conseil invoque le manque d'argent, il incrimine souvent la gestion de Pierre Marie MONNIER.

Le 27 mai 1860, Séraphine MIDOL-MONNET veuve de Claude Ignace MONNIER donne à la paroisse le pré " de la plâtière ", de trente ares environ, situé à Entre deux monts à l'effet d'assurer les exercices d'une mission. Elle pose comme condition " que cette donation ne sera absolue, irrévocable et permanente qu'autant que la commune d'Entre deux monts ne sera pas érigée en paroisse avant le 23 août 1908 ".
Il est stipulé que la destination de cette donation ne pourra jamais être changée, ni appliquée à d'autres fins que celles d'exercices religieux pour les missions.

Le 29 mai 1881, on lit : " concession d'une parcelle de terrain du champ d'Entre deux monts pour l'établissement d'un chemin. Champs provenant de la donation Sophie Midol-Monet / Monnier ".

Le curé le plus célèbre de la paroisse est évidemment Jean Alexandre BLONDEAU PIROULET, dont une croix édifiée juste en face de la porte de l'église rappelle le souvenir. Il était né à Chapelle des bois, au hameau des Mortes, le 26.7.1746, de Claude Alexis et de Marie Célestine Bourgeois Philibert.

Socle de la Croix devant la porte de l'église, édifiée à la mémoire d'Alexandre Blondeau, le célèbre curé réfractaire

Il était, selon le manuscrit de l'abbé Léon Bourgeois écrit en 1894, d'une force musculaire remarquable et d'un caractère très gai. Il serait, avec le notaire Perrenet de Foncine le bas, l'auteur du conte "Vise lou bu" que tous nos anciens avaient recopié. Après douze années passées à Arlay comme vicaire, il est nommé curé de la Chaux en 1782.Il y mourra en 1812 après une vie aventureuse toute au service de ses paroissiens.

En 1789 il est choisi pour participer à l'élection des députés des états généraux.

En 1790, il va défendre sa commune dans un procès à Paris.

En 1791, il prête serment à a constitution civile du clergé, mais avec de telles restrictions que, aussitôt il devient suspect. D'ailleurs il se rétracte rapidement. Dès lors il est proscrit. Deux fois les gendarmes de Champagnole viennent pour l'arrêter et deux fois il leur échappe par la ruse ou par la force. Il s'en va à Chapelle des bois où sa mère et sa sœur ont bien des ennuis à cause de lui, puis il se réfugie au "Creux Maldru" où il retrouve d'autres prêtres dans son cas.

En 1793 il passe en Suisse. Il en revient en 1795 lorsqu'est rétablie une certaine liberté des cultes.
L'accalmie espérée est de courte durée. En janvier 1796, il continue de fanatiser. La gendarmerie le manque plusieurs fois et le capitaine de gendarmerie de Champagnole demande au département un plus grand nombre d'hommes. Il insiste pour que ceux-ci n'appartiennent pas à une unité de la garde nationale, car la plupart de ces unités se trouvent composées de fanatiques ou d'enfants qui s'effraient et favorisent la fuite. Ce qui m'est arrivé en est la preuve. Le département lui donne satisfaction. Des troupes sont envoyées de Lons, aux ordres d'un commandant. Mais le curé, cette fois encore, est déjà parti. Il sera recherché aux Planches et aux Foncines, en vain.

Ses paroissiens portent plainte car les soldats ont picoré : viande, lard, andouilles, souliers, mouchoirs, guêtres, couteaux… Il passe l'été 1796 entre les Mortes et le Mont-Noir, évite encore la capture à Foncine le bas et repart en Suisse d'où il ne reviendra qu 'en 1799 lorsque le consul Bonaparte aura remplacé la République. Il mourra à la Chaux des Crotenay le 31 juillet 1812. Il faut lire à son sujet le récit Françis BONO dans son "Histoire et mémoire de Chapelle des bois".
Une des sœurs de Jean Alexandre Blondeau Piroulet, Marie Thérèse, née le 22 février 1751 aux Mortes épousera le27 juillet 1773 à Saint Laurent François Xavier Bouvet. Une fille de ce couple, Josèphe Augustine Sophie Bouvet née le 9 décembre 1782 aura pour parrain son oncle curé de la Chaux.( voir généalogie de Xavier GUY ).

Parmi les autres curés de la paroisse relevés au hasard des recherches, citons :

- PETITJEAN en 1816.
- Emmanuel JOUFFROY intronisé le 1er novembre 1819.
- Joseph Simon GREA, intronisé le 30 juin 1844.
- MICHALET décédé le 25 février 1874.
- PERRIER, installé le 8 juillet 1879, décédé en 1892 (les comptes de la fabrique de 1893 comportent la ligne suivante : " vin de messe, 25 francs l'année soit pour six mois 12,50 frs. à payer aux héritiers de Mr. Perrier" ).
- Alphonse LACROIX reçu le 10 novembre1893.
- LAMBELIN, qui vers 1925 était l'un des premiers curés motorisés. Il desservait le Frasnois. Sa conduite de l'auto était très particulière.

Les pierres tombales qui se trouvent devant l'église sont presque illisibles et c'est bien dommage.

Les ressources de la fabrique et du curé viennent des droits de chapellenie, mais aussi de dons particuliers.

Voici deux de ces dons :

- Pierre Marie Olivier, fils d'Alexis Olivier, maître de forges à Champagnole, donne à l'église de la Chaux des Crotenay, le 28 mars1784, un pré de six journaux situé en Bramard. Il avait acquis ce pré des Genisset le 7 septembre1783. L'acte est passé chez maître Claude François Perrenet, notaire royal à Foncine le bas. Pierre Marie Olivier acquerra en 1793 l'usine du saut Girard puis certains biens de l'abbaye de Bonlieu. Ce pré attirera quelques ennuis au trésorier de la fabrique et au curé, celui-ci percevant les 195 francs de location, du locataire lui même d'une part, et de la fabrique d'autre part.

- Jean Baptiste Guerillot, seigneur de la Chaux, donne au curé de la Chaux deux terres, l'une de cinq soitures, l'autre de deux soitures sur la commune de Bataillard.
En 1843, la commune cède un terrain en nature de pâture situé à la petite côte du château, en échange d'un terrain en nature de culture situé dans le village et dépendant du presbytère, dans l'intention d'y bâtir une maison d'école.